柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：森久保祥太郎 熊井统子 咲野俊介 野田顺子 子安武人 落合弘治 大川透 野岛健儿 福山润 三瓶由布子 进藤尚美 佐藤利奈 泽城美雪 三宅华也 松来未祐 阿澄佳奈 石井隆夫 钉宫理惠 笹本优子 笹岛芳 青山桐子 木内玲子 伊藤亚矢子 恒松步 和久田美晴 楠大典 大浦冬华 远藤久美子 水泽史绘 小形满 小野大辅 岩田光央 滨田贤二 榎本温子 石井康嗣 鸟海胜美 石上裕一 水岛大宙 福山广士 本井英美 河本邦弘 鹤冈秀树 莲佛美沙子
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