继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：艾拉·珀内尔 卡拉姆·林奇 Nicole Lecky 蒂姆·萨缪尔斯 利亚 哈维 迪诺·凯利 Lucy Heath 艾略特·凯博尔 Jessica Brindle Alexander Bellinfantie Jessye Romeo Luke McGibney 亚历山德拉·道灵 乔纳森·珀恩廷 内森·霍尔 李·拜福德 盖·罗宾斯 凯恩·艾登 马克·雷恩斯伯里 Malcolm J K Baker
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演员：埃拉·巴林斯卡 兰斯·莱迪克 图尔洛夫·科维里 Tetiana Gaidar Connor Gosatti Lea Vivier Mpho Osei Tutu Hanni Heinrich 葆拉·努涅斯 斯艾娜·阿古顿 Ayushi Chhabra 阿德莱恩·鲁道夫 Tamara Smart 苏拉亚·桑托斯 Rizelle Januk 埃文·亨斯特 阿哈德·拉扎·米尔 乔·瓦兹 Christina Knight
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